На хромолитографии соборный храм изображен до его перестройки. Собор во имя пророка Илии, построенный в 1806 г., был сильно поврежден в результате землетрясения, и в 1860-х. гг. был начат сбор средств на его перестройку. В 1900 г. состоялась закладка нового собора, в 1902 г. строительство было завершено, освящение храма состоялось в 1914 г.

Скит был основан в 1757 г. знаменитым Паисием Величковским, получившим от монастыря Пантократор заброшенную келию в честь пророка Илии. Стараниями Паисия келия превратилась в общежительный скит, в котором через некоторое время проживало более 60 монахов. С отъездом Паисия в 1763 году в Молдавию, келия опустела.

В 1775 году в келию вновь поселились монахи, а в 1835 году в число насельников был принят иеромонах Аникита (князь Ширинский-Шихматов), который многое сделал для процветания скита. В 1839 году скит получил от монастыря Пантократор устав, определяющий взаимоотношения между ним и скитом. В 1845 г. скит посетил вел.князь Константин Николаевич. После его визита скит приобрел широкую известность в Российской империи. Расцвет Ильинского скита наступает с 1885 года, когда настоятелем становится Паисий II, вложивший множество сил в его восстановление и расширение. Скиту принадлежали обширные сельскохозяйственные угодия и рыбная ловля на Дунае. Скит имел подворья в Константинополе, Одессе, Таганроге.